ВИЧ-1 Nef это мультифункциональный белок, участвующий в регуляции вирусной инфекции, и отвечающий за целый ряд патогенных эффектов ВИЧ инфекции. В частности, у больных, инфицированных ВИЧ, наблюдается повышенный риск развития атеросклероза. Снижение активности транспортера холестерина ABCA1 под действием белка ВИЧ-1 Nef является важным фактором патогенеза этого заболевания.
В рамках данного проекта охарактеризовано ранее не изучавшееся взаимодействие Nef-калнексин с использованием биоинформатических подходов и идентифицированы потенциальные сайты Nef и цитоплазматического домена калнексина, ответственные за это взаимодействие. Кроме того, предсказаны лиганды – химические вещества, взаимодействующие с сайтом связывания на белке Nef и препятствующие взаимодействию с калнексином. Эффективность двух из десяти предсказанных веществ доказана экспериментально.